Sie können beliebiges HTML, auch zusätzliche Skripts und/oder Stylesheets in jedes einzelne Design einbauen; in der Regel geschieht dies in der Datei index.html (unter /themes/<Name des Designs>/index.html oder im Backend unter Administration > Layout und Design).
Achten Sie allerdings darauf, dass auf diese Weise eingebundene Skripts und Styles Konflikte mit den bereits vorhandenen verursachen können.